Nel 1077 il conte Amedeo II di Savoia ricevette dall'imperatore Enrico IV la conferma dei suoi diritti sulla signoria del Bugey.
I Savoia ingrandirono successivamente i loro domini sulla regione: nel 1272 ottennero la Bresse in dote e poi il Revermont dal ducato di Borgogna. Questo espansionismo pose i Savoia in urto con il Delfinato che mirava a conquistare le stesse terre: ne derivò una guerra durata mezzo secolo, che portò alla costruzione di molti castelli. I Trattati di Parigi (1354-1355) posero fine alla guerra, lasciando ai Savoia tutti i territori contesi sulla riva destra del Rodano.
Il Bugey conservò sempre una certa autonomia.
Alla morte di Margherita d'Asburgo, erede di Filiberto II di Savoia, Francesco I di Francia, in qualità di nipote dei Savoia, rivendicò ed occupò i domini sabaudi nel 1536. Con la pace di Cateau Cambrésis del 1559 i territori vennero tuttavia restituiti ai Savoia.
La signoria del Bugey appartenne alla Casa di Savoia fino al 1601, quando passò al Regno di Francia in seguito al trattato di Lione, e venne aggregato amministrativamente alla generalità di Borgogna.
Amedeo II
1046-1080
I conte di Bugey
1077-1080
Umberto II
1065-1103
II conte di Bugey
1080-1103
Amedeo III
1087-1148
III conte diBugey
1103-1148
Umberto III
1136-1189
IV conte di Bugey
1148-1189
Tommaso I
1177-1233
V conte di Bugery
1189-1233